Le patrimoine organistique mulhousien est plutôt contrasté. S’il n’y existe plus d’instrument intégralement d’origine, plusieurs révèlent une histoire captivante, à l’image de celle de la ville. Les divers instruments sont fortement imprégnés des caractéristiques de la facture régionale ; leur état de conservation demeure globalement satisfaisant, en dépit de deux joyaux réduits au silence depuis des années : temples Saint-Etienne et Saint-Paul. Comme beaucoup d’orgues dans d’autres régions, la totalité des orgues de Mulhouse a fait l’objet de multiples interventions, afin de les mettre au goût musical des époques successives.
Certains travaux ont été confiés à des artisans peu scrupuleux, qui ont négligé la personnalité originelle des instruments. Les conséquences sont souvent irréversibles.

Fort heureusement, depuis les années 1980, la tendance des artisans à vouloir réparer les erreurs passées s’est imposée, selon le principe du respect scrupuleux du patrimoine. L’exemple du Silbermann-Kern du temple Saint-Jean en est une brillante démonstration. Les instruments décrits dans cette publication sont cités en fonction de critères objectifs qui en font des témoins patrimoniaux et historiques significatifs : représentativité d’un style de facture d’orgue, histoire, rareté, état de conservation.